Los laboratorios de investigación cuentan con equipo, personal de apoyo y reactivos adquiridos para los proyectos, apoyados principalmente por la FAPESP y el CNPq, además de los reactivos y material de vidrio para uso general, adquiridos por la institución. Además, también están disponibles los Equipos Multi-usuario, como citómetro de flujo, Microscópio electrónico de Transmisión y Escaneo, Microscopio Confocal, secuenciador de proteínas y péptidos y Espectrómetro de Masas, y también el equipo comprado con fondos " Pro-equipos de la Capes" (liofilizador, lector de ELISA y microscopio de fluorescencia) o con fondos de proyectos coordinados por los profesores del programa.

Para apoyo didáctico, están disponibles para PPGTox los anfiteatros del Instituto Butantan, así como salas de reuniones y sala de informatica de la Biblioteca, con red de alta velocidad de 1 Gb y conexión inalámbrica (Wi-Fi).

Como parte de la formación, los estudiantes participan en actividades de extensión que ofrece el Instituto Butantan: cursos de especialización, actividades en los museos de la institución, contribución en las escuelas secundarias y la formación del profesorado y la divulgación científica junto con los estudiantes.